Larry Brown fue elegido entrenador de la Conferencia Este en el All-Star Game, camiseta chicago bulls y Allen Iverson nombrado MVP del All-Star. Con los Sixers venciendo por 88-87, Carter falló el lanzamiento final para enviar a los Philadelphia 76ers a las Finales de Conferencia frente a los Milwaukee Bucks. Tras el descanso, los 76ers reaccionaron, ganando nueve partidos seguidos, y 23 de los últimos 33 para finalizar 48-34, quedando cuartos en la conferencia. Sixers ganaron la serie en seis partidos. Los Philadelphia se recuperaron, sin embargo, y venció en los siguientes tres partidos para hacerse con la serie. En el primer encuentro, los 76ers desperdiciaron una ventaja de 18 puntos y perdieron 79-78, cuando Reggie Miller encestó un tiro de tres puntos en los segundos finales.
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En 1989-90, Barkley terminó segundo en la votación del MVP de la temporada, mientras que el equipo ganó el título de división. A cambio, los Philadelphia 76 recibieron a Aaron McKie y Theo Ratliff, jugadores de un gran despliegue defensivo que ayudarían al resurgimiento del equipo. En 1991-92, los 76ers no participaron en la postemporada por segunda ocasión en los ocho años que Barkley estuvo en el equipo. Algunas personas piensan que las derrotas en postemporada frente a Chicago fueron el comienzo del fin de la estadía de Barkley en Filadelfia. El 17 de junio de 1992, Barkley fue traspasado a Phoenix Suns a cambio de Jeff Hornacek, Tim Perry, y Andrew Lang, en un traspaso muy criticado por los fanes de Pennsylvania.
Iverson y Brown continuaron con sus diferencias, y la relación llegó a tal punto que era muy probable el traspaso del jugador. En el séptimo encuentro, los Bucks lideraban 34-25 en el segundo cuarto, hasta que un suplente que rara vez jugaba, Raja Bell, anotó 10 puntos para lograr un parcial de 23-4 que le dio el liderazgo a los Philadelphia. Los equipos alternaron victorias en los primeros cuatro partidos, con Iverson anotando 54 puntos en la victoria de los Philadelphia 76ers en el segundo partido. Al año siguiente, los Sixers quedaron quintos con un récord de 49-33. Nuevamente, superaron la primera ronda en cuatro partidos, esta vez venciendo a Charlotte Hornets.